Malinois của Bỉ là một trong bốn giống chó chăn cừu của Bỉ, được phát triển ở Bỉ vào cuối những năm 1800. Bốn giống là Malinois (màu nâu vàng – gụ, áo ngắn với mặt nạ đen), Tervuren (màu nâu vàng – gụ, áo dài với mặt nạ đen) Laekenois (màu nâu vàng, lông thô), và Groenendael (màu đen, áo dài). Câu lạc bộ Kennel Mỹ (AKC) công nhận tất cả nhưng Laekenois là giống riêng biệt ở Mỹ, trong khi United Kennel Club công nhận tất cả bốn loại là một. Club du Chien de Berger Belge (Câu lạc bộ Chó Shepherd Bỉ) được thành lập vào tháng 9 năm 1891 để xác định loại chó nào khác nhau chỉ đại diện cho chó chăn cừu được phát triển ở Bỉ. Vào tháng 11 cùng năm đó, các nhà lai tạo và người hâm mộ đã gặp nhau ở ngoại ô Brussels để kiểm tra chó chăn cừu từ khu vực đó.
Sau nhiều lần cân nhắc, Giáo sư thú y Adolphe Reul và một ban giám khảo kết luận rằng chó chăn cừu bản địa của tỉnh đó là những con chó cỡ trung bình, có tai tam giác và đôi mắt nâu sậm và chỉ khác nhau về kết cấu, màu sắc và độ dài của tóc. Các kỳ thi tiếp theo của chó ở các tỉnh khác của Bỉ dẫn đến kết quả tương tự. Năm 1892, Giáo sư Reul đã viết tiêu chuẩn Chó chăn cừu Bỉ đầu tiên, công nhận ba giống: chó có áo khoác dài, chó có áo khoác ngắn và chó có lớp lông thô. Club du Chien de Berger Belge đã yêu cầu Societe Royale Saint-Hubert (Bỉ tương đương AKC) về tình trạng giống, nhưng đã bị từ chối. Tuy nhiên, vào năm 1901, Chó Malinois chăn cừu Bỉ cuối cùng đã được công nhận là giống chó. Malinois ngày nay có thể được tìm thấy từ một cặp sinh sản thuộc sở hữu của một mục tử từ Laeken tên là Adrien Janssens.
Năm 1885, ông mua một con chó lông màu nâu nhạt, màu nâu vàng gọi là Vos I, hoặc Vos de Laeken từ một đại lý gia súc ở miền bắc Bỉ. Janssens đã sử dụng Vos I (có nghĩa là con cáo ở Flemish) để bầy đàn của mình và cũng nuôi anh ta với một con chó lông nâu nâu ngắn tên là Lise (còn được gọi là Lise de Laeken hay Liske de Laeken). Sau khi giao phối, Vos tôi được nuôi dưỡng cho con gái của mình, thiết lập một dòng chó rất đồng nhất với mái tóc thô màu xám và tóc ngắn, và lông tơ nâu vàng và tóc ngắn. Ngày nay, Vos I và Lise de Laeken được công nhận là tổ tiên không chỉ của Chó chăn cừu Bỉ hiện đại cũng như Bouvier des Flandres và Chó chăn cừu Hà Lan. Các nhà lai tạo đã quyết định cung cấp cho mỗi giống chó chăn cừu Bỉ tên riêng của chúng. Thành phố Malines đã thành lập một câu lạc bộ để quảng cáo cho những chú chó chăn cừu Bỉ Shepherd năm 1898. Louis Huyghebaert, một nhà lai tạo ban đầu dưới cái tên kennel “ter Heide”, cũng như một thẩm phán, tác giả và “bố già của Malinois” (và Bouvier), cùng với câu lạc bộ Malines đã làm rất nhiều để giúp phổ biến những lông, vì vậy cái tên “Malinois” có liên quan đến những cái đuôi màu nâu vàng.
Năm 1897, một năm trước khi thành lập câu lạc bộ Malines, Huyghebaert, cho rằng vì không có nhiều con cừu còn lại ở Bỉ, nên những con chó chăn cừu nên có những thử nghiệm thực địa thể hiện trí thông minh, sự vâng lời và lòng trung thành của họ. Từ đề nghị này, thử nghiệm ăn mặc cho chó chăn cừu đã được phát triển đã thử nghiệm khả năng của một con chó để nhảy và thực hiện các bài tập khác. Thử nghiệm ăn mặc đầu tiên, được tổ chức vào ngày 12 tháng 7 năm 1903 ở Malines, đã được trao bởi M. van Opdebeek và Malinois của ông, Cora van’t Optewel.
Chó chăn cừu Bỉ cũng được sử dụng như chó bảo vệ và chó nhái. Chúng là những con chó đầu tiên được cảnh sát Bỉ sử dụng. Trước Thế chiến II, các thử nghiệm chó cảnh sát quốc tế đã trở nên rất phổ biến ở châu Âu, và chó Bỉ kiếm được một số giải thưởng tại các thử nghiệm. Khi Thế chiến thứ nhất nổ ra, nhiều chó chăn cừu Bỉ đã được quân đội sử dụng cho một số công việc bao gồm chó đưa tin, chó Chữ thập đỏ, chó xe cứu thương và, theo một số con chó xe máy hạng nhẹ. Trong những năm 1920 và 1930, một số chuồng Malinois nổi bật đã được bắt đầu ở Bỉ. Trong những thập kỷ đầu của thế kỷ 20, Malinois và Groenendael là những giống chó phổ biến nhất của chó chăn cừu Bỉ được xuất khẩu sang các nước khác. Vào thời điểm đó, nhiều người đã được xuất khẩu sang Hà Lan, Pháp, Thụy Sĩ, Canada, Hoa Kỳ, Argentina và Brazil. Năm 1911, hai Groenendaels và hai Malinois được AKC đăng ký là “Chó chăn cừu Đức”.
Năm 1913, AKC đổi tên thành “Chó chăn cừu Bỉ”. Những con chó đầu tiên được nhập khẩu bởi Josse Hanssens của Norwalk, Connecticut. Ông bán hai con Malinois cho LI De Winter của Guttenberg, New Jersey. De Winter sản xuất một số litters từ Malinois dưới tên kennel Winterview của mình. Sau Thế chiến thứ nhất, nhiều người lính Mỹ đã mang Malinois và những chú chó chăn cừu Bỉ khác từ châu Âu, và đăng ký AKC tăng lên nhanh chóng. Câu lạc bộ Sheepdog đầu tiên của Bỉ được thành lập vào năm 1924 và trở thành câu lạc bộ thành viên của AKC ngay sau đó.
Năm 1924 và 1925, Walter Mucklow, một luật sư ở Jacksonville, Florida, đã phổ biến Malinois thông qua các bài báo của AKC Gazette mà ông viết. Ông cũng nuôi Malinois trong một thời gian ngắn dưới cái tên Castlehead Kennel. Vào cuối những năm 1920, chó chăn cừu Bỉ Groenendael và Malinois đã nổi tiếng để xếp hạng trong số năm giống hàng đầu. Trong thời kỳ Đại suy thoái, việc chăn nuôi chó là một thứ xa xỉ mà hầu hết không thể đủ khả năng, và Câu lạc bộ Sheepdog đầu tiên của Bỉ đã không còn tồn tại. Trong những năm 1930, một số Malinois đã được đăng ký với AKC khi hàng nhập khẩu được đưa vào trong nước. Ngay cả sau cuộc Đại suy thoái, có rất ít Malinois và sự quan tâm đến giống chó này đã giảm rất nhiều đến mức AKC đưa chúng vào lớp Miscellaneous tại AKC cho thấy trong những năm 1930 và 40. Năm 1949, một câu lạc bộ Sheepdog thứ hai của Bỉ được thành lập ở Indiana. Cũng trong năm đó, John Cowley đã nhập khẩu hai con Malinois và bắt đầu chuồng Netherlair của mình. Ông đã cho thấy một số con chó của mình và một số người đã trở thành quan tâm đến họ.
Vào những năm 1960, nhiều người hơn đã sinh sản và cho thấy Malinois. Vào tháng 3 năm 1992, câu lạc bộ Malinois của người Mỹ gốc Bỉ đã nhận được tình trạng CLB phụ huynh của AKC. Trong thập kỷ qua, chó Malinois của Bỉ đã nhận được rất nhiều sự chú ý cho công việc của họ trong quân đội, các cơ quan phát hiện ma túy, các hoạt động tìm kiếm và cứu nạn, và lực lượng cảnh sát trên khắp đất nước. Kết quả là, nhiều Malinois đã được nhập khẩu vào Mỹ trong vài năm qua. Họ xếp hạng 90 trong số 155 giống và giống được công nhận bởi Câu lạc bộ Kennel Mỹ. Chó Malinois của Bỉ đã nhận được rất nhiều sự chú ý cho công việc của họ trong quân đội, cơ quan phát hiện ma túy, các hoạt động tìm kiếm và cứu hộ, và lực lượng cảnh sát trên khắp đất nước. Kết quả là, nhiều Malinois đã được nhập khẩu vào Mỹ trong vài năm qua. Họ xếp hạng 90 trong số 155 giống và giống được công nhận bởi Câu lạc bộ Kennel Mỹ. Chó Malinois của Bỉ đã nhận được rất nhiều sự chú ý cho công việc của họ trong quân đội, cơ quan phát hiện ma túy, các hoạt động tìm kiếm và cứu hộ, và lực lượng cảnh sát trên khắp đất nước. Kết quả là, nhiều Malinois đã được nhập khẩu vào Mỹ trong vài năm qua. Họ xếp hạng 90 trong số 155 giống và giống được công nhận bởi Câu lạc bộ Kennel Mỹ.